How to handle references using Zotero
Most researchers will want to maintain a database of the literature they cite in manuscripts, and will want to make use of some kind of software to help do so.
Several software solutions are available to handle references, including Mendeley, EndNote, RefMan, and others. We recommend Zotero.
Zotero is Free and Open Source Software and it integrates well with the R ecosystem. It also integrates well with a number of popular web browsers, making it easy to import references directly from online resources to your bibliography.
Zotero also allows you and your collaborators to share a common online repository of references.
You will find the Zotero homepage here
1 How it works with RStudio
- Collecting citations
- You can enter them manually in Zotero
- You can search the internet from within Zotero using DOI, ISBN, and other identifiers
- You can use a browser plugin to export a reference from a webpage (e.g. PubMeds webpage) directly to Zotero by a single click
- You can import references from an existing library, e.g. EndNote
- Storing citations
- Your library of references is store locally on your computer
- Your library of references can be synchronized with Zoteros online servers
- You can organize your references into folders called ‘collections’ – e.g. project folders or topic folders
- You can share you reference folders with other users – e.g. project collaborators
- Additional features
- You can add your personal comments to your references
- You can store a copy of the complete manuscript (typically pdf files) along with the reference
- You can organize your references by adding custom-tags like ‘Review’, ‘Surgery’, or ‘Headache’, etc.
- You can organize your references by creating relationships between different references
Note that we recommend you install a) the Zotero app, b) the Zotero-connector plugin for your favourite browser and c) the “betterBibTeX” Zotero plugin.
- If your computer was issued by the SDU IT department with Microsoft Windows as the operating system, you can install Zotero via SDUs Software Center.
- Otherwise, download from the Zotero website:
- Zotero – firstly, install Zotero itself (currently version 7).
- Zotero Connector – secondly, install the Zotero Connector for your browser (Firefox, Chrome, Edge, or Safari).
- In either case, install:
- betterBibTeX – this Zotero plugin for provides better integration with the R ecosystem. The plugin can be downloaded here and must be installed via the Zotero (instructions are provided on the download page)
Zotero is FOSS and you can download download, install and use it for free.
So how does Zotero make money?
You can choose to synchronize your reference database to the online Zotero servers (Edit / Settings / Sync).
This provides a backup of your database and also allows you to share Group Libraries with colleagues.
This online repository is limited to 300MB, which is adequate for many hundreds of references especially if you disable the option to download a pdf version of the entire manuscript with every reference (Zotero Settings / File handling).
Alternatively, you can pay for additional online storage on the server – and that is how Zotero makes money.
Comprehensive documentation is available at the Zotero website].
Your typical workflow when using Zotero with R and RStudio is as follows:
- Create new collection (sub-folder) in “My Library” (Zoteros top-level folder) – with a name which reflects the R project.
- Drag-and-drop relevant references from the “My Library” to the new project-specific sub-folder
- Export the project-specific sub-folder using ‘Export collection’ with format “Better BibTeX” (or BibTeX) and ‘keepUpdated’ activated, to the R project folder
- Specify the exported BibTeX file as the bibliography in the YAML of any Quarto manuscript that uses reference citations
- Download a relevant Citation Style Language file to the R project folder and specify it in the Quarto file YAML
- Add citations in Quarto Markdown, add references to Zotero in “My Library” and drag-and-drop to the project-specific sub-folder
De fleste forskere vil gerne vedligeholde en database over den litteratur de citerer i manuskripter, og vil gerne gøre brug af en form for software til at hjælpe med det.
Adskillige softwareløsninger er tilgængelige til at håndtere referencer, herunder Mendeley, EndNote, RefMan og andre. Vi anbefaler Zotero.
Zotero er gratis og open source-software, og den integrerer godt med R-økosystemet. Den integrerer også godt med en række populære webbrowsere, hvilket gør det nemt at importere referencer direkte fra onlineressourcer til din bibliografi.
Zotero giver også dig og dine samarbejdspartnere mulighed for at dele et fælles online lager af referencer.
Du finder Zoteros hjemmeside her
2 Sådan fungerer det med RStudio
- Indsamling af referencer
- Du kan indtaste dem manuelt i Zotero
- Du kan søge på internettet fra Zotero ved hjælp af DOI, ISBN og andre identifikatorer
- Du kan bruge et browserplugin til at eksportere en reference fra en webside (f.eks. PubMeds webside) direkte til Zotero med et enkelt klik
- Du kan importere referencer fra et eksisterende bibliotek, f.eks. EndNote
- Lagring af citater
- Dit referencebibliotek gemmes lokalt på din computer
- Dit referencebibliotek kan synkroniseres med Zoteros online-servere
- Du kan organisere dine referencer i mapper kaldet ‘collections’ – f.eks. projektmapper eller emnemapper
- Du kan dele dine referencemapper med andre brugere – f.eks. projekt samarbejdspartnere
- Yderligere funktioner
- Du kan tilføje dine personlige kommentarer til dine referencer
- Du kan gemme en kopi af det komplette manuskript (typisk pdf-filer) sammen med referencen
- Du kan organisere dine referencer ved at tilføje brugerdefinerede mærkater som ‘Review’, ‘Surgery’ eller ‘Headache’ osv.
- Du kan organisere dine referencer ved at skabe relationer mellem forskellige referencer
Bemærk, at vi anbefaler, at du installerer a) Zotero-appen, b) Zotero-connector til din yndlingsbrowser og c) “betterBibTeX” Zotero-plugin’et.
- Hvis din computer er udstedt af SDU IT-afdelingen med Microsoft Windows som styresystem, kan du installere Zotero via SDU’er Software Center.
- Ellers skal du downloade fra Zotero-webstedet:
- Zotero – for det første skal du installere selve Zotero (aktuelt version 7).
- Zotero Connector - for det andet skal du installere Zotero Connector til din browser (Firefox, Chrome, Edge eller Safari).
- I begge tilfælde skal du installere:
- betterBibTeX - dette Zotero-plugin giver bedre integration med R-økosystemet. Pluginnet kan downloades her og skal installeres via Zotero (instruktioner findes på downloadsiden)
Zotero er FOSS, og du kan downloade, installere og bruge det gratis.
Hvordan tjener Zotero så penge?
Du kan vælge for at synkronisere din referencedatabase med Zotero-serverne online (Rediger / Indstillinger / Synkroniser).
Dette giver en sikkerhedskopi af din database og giver dig også mulighed for at dele gruppebiblioteker med kolleger.
Dette online-lager er begrænset til 300 MB, hvilket er tilstrækkeligt til mange hundrede referencer især hvis du deaktiverer muligheden for at downloade en pdf-version af hele manuskriptet med hver reference (Zotero-indstillinger / Filhåndtering).
Alternativt kan du betale for yderligere online-lagerplads på serveren - og det er sådan, Zotero tjener penge.
Omfattende dokumentation er tilgængelig på Zotero-webstedet].
Din typiske arbejdsgang, når du bruger Zotero med R og RStudio, er som følger:
- Opret ny samling (undermappe) i “Mit bibliotek” (Zoteros øverste mappe) - med et navn, der afspejler R-projektet.
- Træk-og-slip relevante referencer fra “Mit bibliotek” til den nye projektspecifikke undermappe
- Eksporter den projektspecifikke undermappe ved hjælp af ‘Export collection’ med formatet “Better BibTeX” (eller BibTeX) og ‘keepUpdated’ aktiveret, til R-projektmappen
- Angiv den eksporterede BibTeX-fil som bibliografien i YAML for ethvert Quarto-manuskript, der bruger referencehenvisninger
- Download en relevant Citation Style Language-fil til R-projektmappen og angiv den i Quarto-filen YAML
- Tilføj citater i Quarto Markdown, tilføj referencer til Zotero i “Mit bibliotek” og træk-og-slip til den projektspecifikke undermappe