Prerequisites
1 Prerequisites
You’re going to need a computer …
- A somewhat modern computer
- Sufficient storage (+500 Mb) on your harddisk for the installation
- Sufficient memory (+1 Gb) - the more, the better
- A somewhat modern operating system
- Linux (Ubuntu 18+, Debian 9+, OpenSuse 15+, Fedora 19+, Redhat 7+, etc)
- Windows 10+
- MacOS10.15+
- A working internet connection
- Any speed will do, if you are patient enough
Please look at each of the ‘call-out boxes’ below that are relevant to you!
If you already have a working installation of R, you can use this script to list all the relevant information about your computer and its software – this is described in more detail on the last page of this sub-section.
If you do not have a working installation of R, the links below will guide you how to get the relevant information for your operating system:
1.1 Debian based distributions
If you’re running Linux, you probably know all this stuff already, down to the clock speed of your RAM and the block size of ext4, but if not:
Run the following in a terminal, to get information about your operating system (uname), your hardware (lscpu) and disk space (df):
$ uname -a
$ lscpu
$ df -h1.2 Red Hat based distributions
Run the following in a terminal, to get information about your operating system (hostnamectl), your hardware (lscpu) and disk space (df):
$ hostnamectl
$ lscpu
$ df -h
1.3 Gentoo, Arch, or similar?
Really?
If your computer is an older model, we recommend that you get someone to help you install R well in time before the R-course.
Otherwise, you risk spending all your class time wrangling your computer instead of playing with R.
The R-ecosystem is constantly developing and new functionality is added all the time, which may be unavailable to you with an older R installation.
Your computer doesn’t have to be brand spanking new, but if in doubt, contact the teachers before the R course starts.
At the time of writing (summer 2022) we recommend you use R version4.x.x and RStudio version 2022.x.x
Note, that if your computer is set up to use an institutional network drive (such as Microsoft OneDrive) as opposed to its local harddisk, it may slow things down somewhat … it will still run, but slower due to the net-traffic overhead.
Problems with SharePoint – there seems to be some issues with using SharePoint: When rendering Quarto documents (which we will get to later), R needs to create a number of temporary files which are deleted again quite quickly. This seems to cause some issues if the working (project) directory is a SharePoint folder.
Be aware that the local IT department on the Regional Hospitals and the University may impose certain restrictions on your ability to install software on your computer:
- Access to some webpages (e.g. CRAN) may be restricted, as may access to download some files from the internet.
- Installation of software may require particular administrative rights which you do not have as standard.
If this is the case, it will impede and slow down your installation of R.
It is therefor a good idea, to get all of this sorted out before the start of classes. Again, otherwise you risk spending all your class time wrangling your computer rather than playing with R.
…and we (Søren and Steen) will gladly help you with the R-ecosystem, but have limited time in class to help with general issues relating to your computer or your operating system.
On an SDU issued computer, your best bet is to install software via the SDU IT Software Center.
Be aware that the local IT department on the Regional Hospitals and the University may impose certain restrictions on your ability to install software on your computer:
- Access to some webpages (e.g. CRAN) may be restricted, as may access to download some files from the internet.
- Installation of software may require particular administrative rights which you do not have as standard.
If this is the case, it will impede and slow down your installation of R.
It is therefor a good idea, to get all of this sorted out before the start of classes. Again, otherwise you risk spending all your class time wrangling your computer rather than playing with R.
…and we (Søren and Steen) will gladly help you with the R-ecosystem, but have limited time in class to help with general issues relating to your computer or your operating system.
Some OUH employees in the past, have been advised to use a server-based R/RStudio solution, in place of a local installation on your computer – that does not work well, in our experience. We highly recommend a local installation on your own hard drive.
Be aware that the local IT department on the Regional Hospitals and the University may impose certain restrictions on your ability to install software on your computer:
- Access to some webpages (e.g. CRAN) may be restricted, as may access to download some files from the internet.
- Installation of software may require particular administrative rights which you do not have as standard.
If this is the case, it will impede and slow down your installation of R.
It is therefor a good idea, to get all of this sorted out before the start of classes. Again, otherwise you risk spending all your class time wrangling your computer rather than playing with R.
…and we (Søren and Steen) will gladly help you with the R-ecosystem, but have limited time in class to help with general issues relating to your computer or your operating system.
2 Forudsætninger
Du skal bruge en computer…
- En nogenlunde moderne computer
- Tilstrækkelig lagerplads (+500 Mb) på din harddisk til installationen
- Tilstrækkelig hukommelse (+1 Gb) - jo mere, jo bedre
- Et nogenlunde moderne styresystem
- Linux (Ubuntu 18+, Debian 9+, OpenSuse 15+, Fedora 19+, Redhat 7+ osv.)
- Windows 10+
- MacOS 10.15+
- En fungerende internetforbindelse
- Enhver hastighed duer, hvis du er tålmodig nok
Se venligst hver af de call-out bokse nedenfor, der er relevante for dig!
Hvis du allerede har en fungerende installation af R, kan du bruge dette script til at liste alle relevante oplysninger om din computer og dens software – dette er beskrevet mere detaljeret på sidste side af dette underafsnit.
Hvis du ikke har en fungerende installation af R, vil nedenstående links guide dig til hvordan du får de relevante oplysninger til dit operativsystem:
Hvis du kører Linux, kender du sikkert alle disse ting allerede, ned til clockhastigheden på din RAM og blokstørrelsen på ext4, men hvis ikke:
2.1 Debian-baserede distributioner
Kør følgende i en terminal for at få information om dit operativsystem (uname), din hardware (lscpu) og diskplads (df):
$ uname -a
$ lscpu
$ df -h2.2 Red Hat-baserede distributioner
Kør følgende i en terminal for at få information om dit operativsystem (hostnamectl), din hardware (lscpu) og diskplads (df):
$ hostnameectl
$ lscpu
$ df -h
2.3 Gentoo, Arch eller lignende?
Virkelig?
Hvis din computer er en ældre model, anbefaler vi, at du får nogen til at hjælpe dig med at installere R i god tid før R-kurset.
Ellers risikerer du at bruge al din undervisningstid på at bokse med din computer i stedet for at lege med R.
R-økosystemet udvikler sig konstant, og der kommer hele tiden ny funktionalitet til, som kan være utilgængelig for dig med en ældre R-installation.
Din computer behøver ikke at være sprit-ny, men hvis du er i tvivl, så kontakt underviserne inden R-kurset starter.
I skrivende stund (sommeren 2022) anbefaler vi, at du bruger R version4.x.x og RStudio version 2022.x.x
Bemærk, at hvis din computer er sat op til at bruge et institutionelt netværksdrev (såsom Microsoft OneDrive) i modsætning til dens lokale harddisk, kan det sænke hastigheden noget … den vil stadig køre, men langsommere på grund af nettrafikken.
Problemer med SharePoint – der synes at være visse problemer med SharePoint: Når man ‘render’ et Quarto dokument (hvilket vi kommer til senere), har R brug for at oprette en del midlertidige filer, som slettes igen raltivt hurtigt derefter. Det synes at give anledning til problemer hvis arbejdsfolderen (projektfolderen) er en SharePopint folder.
Vær opmærksom på, at den lokale IT-afdeling på Regionshospitalerne og Universitetet kan pålægge visse begrænsninger for din mulighed for at installere software på din computer:
- Adgang til nogle websider (f.eks. CRAN) kan være begrænset, ligesom adgang til at downloade nogle filer fra internettet.
- Installation af software kan kræve særlige administrative rettigheder, som du ikke har som standard.
Hvis dette er tilfældet, vil det hæmme og bremse din installation af R.
Det er derfor en god idé at få styr på alt dette inden undervisningsstart. Igen, ellers risikerer du at bruge al din undervisningstid på at bokse med din computer i stedet for at lege med R.
…og vi (Søren og Steen) hjælper dig gerne med R-økosystemet, men har dårligt tid i undervisningen til at hjælpe med din computer eller dit styresystem generelt.
På en SDU-udleveret computer er dit bedste bud at installere software via SDU IT Software Center.
Vær opmærksom på, at den lokale IT-afdeling på Regionshospitalerne og Universitetet kan pålægge visse begrænsninger for din mulighed for at installere software på din computer:
- Adgang til nogle websider (f.eks. CRAN) kan være begrænset, ligesom adgang til at downloade nogle filer fra internettet.
- Installation af software kan kræve særlige administrative rettigheder, som du ikke har som standard.
Hvis dette er tilfældet, vil det hæmme og bremse din installation af R.
Det er derfor en god idé at få styr på alt dette inden undervisningsstart. Igen, ellers risikerer du at bruge al din undervisningstid på at skændes med din computer i stedet for at lege med R.
…og vi (Søren og Steen) hjælper dig gerne med R-økosystemet, men har dårligt tid i undervisningen til at hjælpe med din computer eller dit styresystem generelt.
Nogle OUH-medarbejdere er tidligere blevet rådet til at bruge en serverbaseret R/RStudio-løsning i stedet for en lokal installation på din computer – det virker ikke godt, efter vores erfaring. Vi anbefaler stærkt en lokal installation på din egen harddisk.
Vær opmærksom på, at den lokale IT-afdeling på Regionshospitalerne og Universitetet kan pålægge visse begrænsninger for din mulighed for at installere software på din computer:
- Adgang til nogle websider (f.eks. CRAN) kan være begrænset, ligesom adgang til at downloade nogle filer fra internettet.
- Installation af software kan kræve særlige administrative rettigheder, som du ikke har som standard.
Hvis dette er tilfældet, vil det hæmme og bremse din installation af R.
Det er derfor en god idé at få styr på alt dette inden undervisningsstart. Igen, ellers risikerer du at bruge al din undervisningstid på at skændes med din computer i stedet for at lege med R.
…og vi (Søren og Steen) hjælper dig gerne med R-økosystemet, men har dårligt tid i undervisningen til at hjælpe med din computer eller dit styresystem generelt.