UNFINISHED !!! RStudios GUI #2

How to work effectively in RStudio

Author

Søren O’Neill & Steen Harsted

Published

February 8, 2024

0.1 A simple but important concept

In the following we explain some simple but important points related to your workflow in R and RStudio.

From experience, we have know this causes some confusion and frustration to R-newcomers, so please pay attention to each of the following videos.

A typical workflow consists of ping-pong’ing back and forth between i) testing code in real-time (console and short term memory) and ii) storing working code in the right order in a text file.

Example

Let’s say you want to use the functions mean and rnorm to calculate the observed mean of a sample of 100 from a normal distribution with an expected mean of 1. The following code should do the trick and before using that code in you manuscript, you check it out in the console:

rnorm(n=100, mean=1, sd=2) |> mean()
[1] 1.277393

You then realize that the result has too many digits and you amend your code:

rnorm(n=100, mean=1, sd=2) |> mean() |> round(2)
[1] 1.28

Open RStudio and create and empty R script by menu: File / New File / R Script or keyboard: CTRL-SHIFT-n

  1. Copy paste this code rnorm(n=100, mean=1, sd=2) %>% mean() into the console and execute it by pressing ENTER – what happens in the text editor?
  2. Copy and paste this code rnorm(n=100, mean=120, sd=25) %>% mean() into the text editor and press ENTER – what happens in the console?
  3. Copy and paste this code rnorm(n=100, mean=20, sd=250) %>% mean() into the text editor and press CTRL+ENTER – what happens in the console?
  1. Nothing happens in the text editor
  2. Nothing happens in the console
  3. The code is copied and pasted into the console and executed

Bonus question Amend the code in the text editor so that the output of the R command is ascribed to a variable called x. What happens in the Environment tab of the Environment pane, i) when you added the code to the text file and ii) when you copy/paste/execute (CTRL+ENTER) the code in the console?

When you close an R project, RStudio will ask you whether you want to save a ‘Workspace image’.

A workspace image stores the information currently in the console and the short term memory (Environment) and restores it, the next time you open the project.

  1. What are the potential benefits of that?
  2. What are the potential pitfalls of that?
  1. Restoring a workspace image from the last time you worked in the project, lets you pick up and start from the exact same position, which can sometimes be helpful. For instance, if you rely on downloading a large dataset from the internet, you can save some time.
  2. A common mistake that frustrates beginners: Ping-pong’ing back and forth, you might solve a problem in the console which commits the right data to short term memory, but forget to add that problem-solving code to the script in the text editor. If you do not use the workspace image, that mistake will become apparent next time you open your project with an empty environment.

0.2 Et simpelt, men vigtigt koncept

I det følgende forklarer vi nogle enkle, men vigtige punkter relateret til din arbejdsgang i R og RStudio.

Af erfaring ved vi, at dette forårsager en vis forvirring og frustration for R-nytilkomne, så vær opmærksom på hver af de følgende videoer.

En typisk arbejdsgang består af ping-pong’er frem og tilbage mellem i) test af kode i realtid (konsol og korttidshukommelse) og ii) lagring af arbejdskode i den rigtige rækkefølge i en tekstfil.

Eksempel

Lad os sige, at du vil bruge funktionerne “middelværdi” og “rnorm” til at beregne det observerede middelværdi af en stikprøve på 100 ud fra en normalfordeling med et forventet middelværdi på 1. Følgende kode bør gøre tricket, og før du bruger den kode i dig manuskript, du tjekker det ud i konsollen:

rnorm(n=100, mean=1, sd=2) |> mean()
[1] 1.277393

Du indser så, at resultatet har for mange cifre, og du ændrer din kode:

rnorm(n=100, mean=1, sd=2) |> mean() |> round(2)
[1] 1.28

Åbn RStudio og opret og tøm R-script efter menu: Fil / Ny fil / R Script eller tastatur: CTRL-SHIFT-n

  1. Kopiér indsæt denne kode rnorm(n=100, mean=1, sd=2) %>% mean() ind i konsollen og kør den ved at trykke ENTER – hvad sker der i teksteditoren?
  2. Kopier og indsæt denne kode rnorm(n=100, mean=120, sd=25) %>% mean() i teksteditoren og tryk ENTER – hvad sker der i konsollen?
  3. Kopier og indsæt denne kode rnorm(n=100, mean=20, sd=250) %>% mean() i teksteditoren og tryk CTRL+ENTER – hvad sker der i konsollen?
  1. Der sker ikke noget i teksteditoren
  2. Der sker ikke noget i konsollen
  3. Koden kopieres og indsættes i konsollen og udføres

Bonusspørgsmål Ret koden i teksteditoren, så outputtet af R-kommandoen tilskrives en variabel kaldet x. Hvad sker der på fanen Miljø i ruden Miljø, i) når du tilføjede koden til tekstfilen og ii) når du kopierer/indsætter/udfører (CTRL+ENTER) koden i konsollen?

Når du lukker et R-projekt, vil RStudio spørge dig, om du vil gemme et ‘Workspace-billede’.

Et arbejdsområdebillede gemmer de oplysninger, der aktuelt er i konsollen og korttidshukommelsen (Environment) og gendanner det, næste gang du åbner projektet.

  1. Hvad er de potentielle fordele ved det?
  2. Hvad er de potentielle faldgruber ved det?
  1. Gendannelse af et arbejdsområdebillede fra sidste gang, du arbejdede i projektet, lader dig samle op og starte fra nøjagtig samme position, hvilket nogle gange kan være nyttigt. Hvis du for eksempel er afhængig af at downloade et stort datasæt fra internettet, kan du spare lidt tid.
  2. En almindelig fejl, der frustrerer begyndere: Ping-pong’er frem og tilbage, kan du løse et problem i konsollen, som overfører de rigtige data til korttidshukommelsen, men glem at tilføje den problemløsningskode til scriptet i tekst editor. Hvis du ikke bruger workspace-billedet, vil den fejl blive tydelig, næste gang du åbner dit projekt med et tomt miljø.